如何理解有关意识存在的神经解剖基础知识

我可以向你及我自己意识的心一样交谈。

—— Percy Bysshe Shelley（1792～1822）

A.与意识无关的神经轴结构

1.在实际工作中，意识存在的定位问题其实就是能否找到意识存在所必需的，即损坏后就影响意识的神经系统结构。为了找出意识存在所必需的中枢神经系统部分，须先排除那些对意识不必要的部分。为了确保熟悉中枢神经系统的大体结构，如图1所示，在一张活页纸上画出一幅放大的图，然后用剪刀剪去不需要的部分，正如下文所述，并将其放在一边。

图1 中枢神经系统（神经中轴）侧面观，显示其大体组成部分

2. 首先去除整个脊髓；其次去除小脑；最后剪去延髓和脑桥下部，这些部分都与意识无关（请真实地将图中不需要的部分剪掉。这项看上去繁杂的工作成果将会一直被保留）。从脊髓骶段到中脑每一个水平的完全离断都不会影响意识，只要我们人为地保持呼吸和血压稳定。因此，对意识不必要的结构包括整个脊髓、延髓、脑桥下部及小脑。但是，脑桥上部完全横断会暂时有意识丧失，而中脑完全离断则会使意识永久丧失。

3. 下一步，不再完全离断脑桥和中脑，而是部分离断来确定哪些部分是保持意识所必需的。为了更好地体会部分离断，可通过绘制脑干的全部横截面来复习脑干横断面的解剖（图2、图3）。

图2 脑干概括性横切面分解观，显示3 个纵行分区，即顶盖、被盖和基底

图3 脑干概括性横切面

BE，鳃弓运动；GSA，一般躯体感觉；GSE，一般躯体运动；GVA，一般内脏感觉；GVE，一般内脏运动

4. 我们发现完全离断甚至去除双侧中脑或脑桥整个基底部都不会影响意识。如果神经系统其他部分是完整的，脑桥或中脑双侧基底部损伤会引起所有其他运动功能的丧失，除了眼球的垂直运动以外。患者保留了全部感觉和意识，但只能通过唯一的传出方式，也就是眼球垂直运动传递其意识清醒状态。现在剪掉脑干基底部并放到将要丢弃的一堆中。

5. 切掉基底部后，将刀片更深入一些来分离内侧丘系和外侧丘系。患者将丧失这些通路支配的感觉，但是意识仍然保留。然后去除顶盖，意识仍存在。下一步，去除脑神经运动核团，意识仍保留。因此，从脑干横截面上看，去除了顶盖、内外侧丘系及脑神经核团，将它们放入垃圾堆中。

6. 现在，切断脑桥中部到中脑上部之间的双侧被盖可以使意识丧失。因此，要保持意识清醒，脑桥和中脑联系必须完整，并且与大脑和间脑保持连续。现在，除了头侧脑桥中脑被盖，已经去除了间脑以下所有的神经轴其他部分。

7. 在你的原始图画上，现在只剩下了大脑及间脑和脑桥中脑被盖。我们相继在更头侧的位置横断间脑和基底节区以确定剩余的中枢神经系统部分对意识的作用。我们必须将刀从大脑底部插入切断双侧的灰质核团，而不损伤周围的白质或皮质。切断双侧间脑可导致永久和不可逆的意识丧失。

如果切面向前延伸到基底节，这个试验的证据力度要变得差很多，因为人类疾病中很少有仅局限于此的情况。但是，在基底节和间脑手术治疗不自主运动的医疗实践中，神经外科医生知道不要切除双侧病变，以避免损伤精神、意识和语言。

可以推测出急性双侧苍白球和纹状体损伤可导致意识丧失——至少，如果病变向外延伸，稍累及附近的间脑、隔区或双侧半球内侧，而这些病变实际上也常影响周边结构。因此，我们发现中脑脑桥被盖向上到间脑、基底节和内侧大脑半球任何水平的双侧病变都可导致意识丧失（图4和图5）。

8. 注意如图4和图5所示，中脑头侧结构，尤其是基底节和大脑半球内侧的病变明显要比脑桥中脑被盖部及间脑的病变累及的范围更大才能影响意识。

9. 下一个解剖部位是间脑和基底节周围的深部白质，它们包含了这些深部神经元核团和皮质神经元之间的神经连接环路。如果毁坏一侧半球的深部白质，去除一侧半球的所有皮质或通过半球切除而去掉所有的白质和皮质，患者均能保留意识［但是，急性大面积的半球病变可以暂时地损伤意识。奇怪的是，左侧半球病变损伤意识的机会是右侧半球的两倍］。因此，可从图4中剪掉一个半球并扔到一边的垃圾堆中。对意识不必要的结构包括脊髓、延髓、脑桥下部、小脑、脑桥、中脑的基底部及顶盖、丘系和脑神经核与一侧（左或右）大脑半球。

图4 脑矢状切面

涂色部分显示了部分脑桥中脑被盖、间脑和前脑基底部，这些部位的双侧损伤会导致意识丧失

图5 中脑（A）和大脑（B）尾状核水平的冠状切面

阴影部分显示了可以导致意识丧失的部位和大小

10. 尽管两侧大脑半球其中之一可以去除，但不能两侧同时去除。去除双侧额叶、顶叶、枕叶和一侧颞叶，发现虽然能严重损伤人格和感觉运动功能，但是意识仍保留。如果去除双侧大脑太多的部分、去除双侧半球的皮质或由于缺氧或低血糖破坏大部分甚至全部大脑皮质，就会造成去皮质综合征，这是一种目前认为与持续植物状态等同的旧时说法。

如果去除双侧半球的深部白质，或者患者有严重的脱髓鞘疾病，造成大脑皮质和脑干及间脑的联系中断，患者会永久失去意识。这种严重的、双侧毁坏性的去皮质或脱髓鞘病变范围与脑桥-中脑被盖部微小的、局限的、双侧的病变范围形成鲜明的对比，但后者却可以完全而选择性地导致意识丧失，而对其他神经通路介导的神经功能影响不大。复习图5，我们发现中脑被盖部微小而集中的病变可以导致永久的意识丧失。

B. 对意识有关和无关的神经轴结构总结

1. 前面的观察提示完整的意识状态存在需要至少一侧脑干的脑桥-中脑被盖部、同侧间脑及同侧大脑半球的一部分。这可能组成了一个人维持大脑功能所必需的最少结构。尽管完整的脑桥-中脑被盖部是意识所必需的，但仅有此是不够的，至少不足以维持临床可操作层面上的意识。还需要有大脑半球，或者说带有能够到达效应器的传出纤维的大部分半球结构，只有这样才能产生行为反应，从而显示意识状态。双侧去除后可以严重影响或导致意识丧失的结构包括：

a. 内侧半球并包括前脑基底部。

b. 尾状核-壳核（纹状体）。

c. 间脑。

d. 中脑被盖：双侧被盖很小范围的病变可以完全并永久地损伤意识。

e. 脑桥头侧被盖。

2. 虽然你已经知道哪些对意识不是必要的结构，但更要注意下面这个最重要的事实：如果患者有这些结构的病变，却出现了意识障碍，那么其意识改变一定有其他原因。最常见的原因是病变引起脑疝或者使脑组织移位压迫了对维持意识最关键的结构。如果不进行药物或手术干预，患者会死亡。第Ⅲ部分会讨论这些脑疝及其临床诊断。

C. 考核你对有关意识存在的神经解剖基础知识的理解

1. 列举不会影响意识的神经轴结构：脊髓、延髓和脑桥尾部（但必须有呼吸和血压支持）；小脑；顶盖；基底部；丘系；脑干脑神经核；四对脑叶的任何一对或者一个大脑半球（可能还可以包括另一个半球的一小部分）。

2. 列举可以影响意识的神经轴病变部位：从头侧脑桥-中脑被盖、间脑、基底节或内侧半球包括前脑基底部任何水平的双侧病变即可，或者破坏双侧大脑皮质或深部白质。假设人工支持的呼吸、血压保证，神经系统病变是意识丧失的原发原因，而不是低氧或者缺血。

3. 说出最小面积的病变但能高选择地引起意识丧失的部位：双侧中脑被盖病变（图5A）。

D. 证明意识传导通路的实验方法

1. 将一根刺激电极插入动物的中脑网状结构。

2. 将记录电极放置在头皮上。头皮电极记录的信息被称为脑电图。

3. 动物入睡后，刺激网状结构并观察。

a. 动物睁开眼睛并向四周张望。

b. 脑电图显示脑电活动有明显变化（图6）。

图6 中脑网状结构插入电极，睡眠中的动物被固定在脑电图机上刺激电极引起突然的觉醒。

S 表示脑电图记录过程中的刺激点。注意整个脑电图突然从睡眠的高波幅慢波转变为觉醒状态的低波幅快活动

4. 刺激网状结构使动物觉醒后，实验者可以显著增加电流使得在电极尖端周围产生电流损伤病灶。动物会马上进入意识障碍状态。

5. 类似地刺激丘脑中线和板内核可以产生觉醒反应。双侧损伤该结构可导致意识丧失。

6. 该实验的解释：证实了存在一条非特异性的上行通路。

a. 最初的电极刺激就像打开了总开关：整个皮质被刺激了。因为整个皮质都有反应，可以理解为一种弥漫的或者非特异性的上行通路被激活了。由于这些冲动通过丘脑，可以得出结论：这个实验证明了有一条上行的网状结构-丘脑-皮质通路。我们称这整条通路为上行网状激活系统。尽管生理学证据提示上行网状激活系统存在丘脑-皮质间的突触连接，实际上该轴索是否存在仍需要进行证实。上行网状激活系统中部分化学特异性的网状结构核团的轴突没有通过丘脑核。

b. 注意上行网状激活系统的实验性定义取决于两条证据：刺激该系统提高/ 降低意识水平，而破坏该系统提高/降低意识水平。

7.根据刺激和破坏效应给出上行网状激活系统的实验性定义。上行网状激活系统包括脑桥-中脑被盖部及间脑的神经元群体，它们被刺激后能提高意识水平，而破坏后降低意识水平。

E. 证明特异性的丘脑皮质通路

1. 与上行网状激活系统这种广泛的非特异的投射相反，感觉性的丘脑皮质通路与大脑皮质之间有非常特异的点对点的联系。为了证实这种相反的特异性系统，按照以下步骤操作：

a. 将电极插入丘脑的一个感觉中继核团。

b. 将记录电极放在相对应核团的皮质表面。在图7中，刺激电极插入腹后核，记录电极放置在中央后回的躯体感觉接收区域。

图7 插入丘脑躯体感觉中继核特定部位的电极刺激引起皮质特定部位的兴奋（脑电图上第3 导联），而不是像图6那样的全面反应

S 表示脑电图记录过程中的刺激点

2. 这种特异性系统是如此精细，以至于刺激细小的视网膜区域、用非常窄频率的声音刺激耳蜗或刺激某个手指的皮肤可以引起特定的非常局限的皮质感觉区域的反应。下表回顾了特异性丘脑感觉中继核及其皮质投射区域。

丘脑的特异性感觉中继核

3. 上行网状激活系统的特异性/ 非特异性通路维持意识的一般状态，而丘脑皮质的特异性/ 非特异性通路则维持对特定感觉的意识。

一部进行神经系统检查的经典指南

大量的自我观察，大量的程序化设计

一些讽刺和幽默，少量编者按

再偶尔来点段落总结

......

“无疑，这是目前最好的一本神经系统检查书。”

——加州大学著名神经科教授Doody

神经科医生入门必备

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* 完美地达到了DeMyer教授设计的三个目的：如何进行神经系统检查；复习解剖学和生理学知识，解释神经系统检查的结果；展示哪些检查有助于澄清临床问题，进行鉴别诊断。

科学出版社赛医学（sci_med）

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探究JEEP解剖车，揭秘颜值背后的硬核品质

近日广汽菲克将陆续在长沙、成都、济南、杭州等地开展一系列以“探究品质真相，硬核真材实料”为主题的解剖车相关活动。借此，消费者可以零距离感受WCM世界级制造工厂的一流造车品质，更能以直观的方式深刻了解Jeep领先的制造技术与值得信赖的产品质量。

5月以来随着首批45台广汽菲克Jeep专属解剖车陆续运抵全国经销商展厅，意味着“让我把‘芯’掏给你——广汽菲克Jeep解剖车品质探享”的主题活动正式落地。随后，广汽菲克将陆续在长沙、成都、济南、杭州等地开展一系列以“探究品质真相，硬核真材实料”为主题的解剖车相关活动。让更多消费者可以零距离感受WCM世界级制造工厂的一流造车品质。

5月28日，在广汽菲克长沙工厂Jeep大指官解剖车面前，梨视频主持人赵竹青、《踢车帮》创始人夏东、汽车节目主持人中国交通广播屈可就Jeep解剖车工艺、品质与广大网友线上一起进行深入探究和交流。

众所周知，Jeep这个诞生于二战时期的汽车品牌，已有80年的历史，Jeep成为全球越野车的代名词。其大切诺、牧马人等产品销往全球100多个国家和区地，全球累计销量接近1000万辆。 Jeep品牌进入国内后，发展驶入快车道。目前，其在国内拥有长沙、广州两处世界级制造标准（WCM）工厂。广州工厂生产自由侠、指南者等车型；长沙工厂目前主要生产Jeep自由光、大指挥官等车型。同时生产GME、GSE、Fife、虎鲨四大系列发动机，配套长沙和广州两个整车工厂。

潜艇级车身坚固堡垒捍卫出行平安

展示于广汽菲克长沙工厂门厅醒目位置被"解剖"的Jeep大指挥官，与一般的样品展车不同，其是一台真正的量产车，并且被"解剖"得相当彻底，不仅车厢内的内饰、副驾驶座位看得清楚，而且发动机与其他动力系统、悬架等系统一览无遗，就连轮胎也被拆除了部分。细节敢于如此坦荡真实，充分展现了广汽菲克对旗下产品品质的十足信心。好车，就敢让你看得更清楚。

与其它品牌相比，主打四驱越野性能的Jeep品牌更是将驾乘者的行车安全放在了至高位置，打造潜艇级车身坚固堡垒捍卫出行平安。在车身强度上，Jeep选用热成型钢材，强度是普通钢材的3-4倍。尤其是被"解剖"的大指挥官AB柱和顶棚等部位都采用了热成型钢，双层近4毫米厚，它是德国本特勒在中国供应的最厚的材料，钢材强度最高达到潜艇级的1350Mpa。这种钢材的使用为驾乘者构建了“生存空间”的顶梁柱，让其无惧42座10米大巴压顶，即便发生事故，也足以给予车内人员充足的安全空间。同时，Jeep采用的先进飞行激光焊焊接方式提高了车门精度和强度，座椅骨架的“管板结合”结构也有效提升了座椅的抗压变形能力。另外，车门采用的是一体成型工艺，使得车身整体形成安全笼式车身，能时刻保护驾乘人员的安全。

一体式铸件和钢塑混用材质有效提升操控体验

Jeep出色越野基因，不仅源于其拥有一套高效率的黄金动力组合，高强度和优异的耐久性底盘也是必不可少。作为底盘重要部件的前悬下摆臂，Jeep自由光和大指挥官采用了一体式铝合金铸件，强度更高，耐久更好。此外，刹车盘作为刹车系统的重要部件之一，广汽菲克Jeep不懈追求各类环境下的优异性能表现。大指挥官的前后刹车盘面积均超过同级竞品，独特的蜂窝状通风孔，热衰减小，即使在长时间山路行驶也能保持上佳的制动效果。

钢塑混用支架材质的使用又成为一个Jeep品牌的大亮点。水箱支架作为车辆前部的一个重要部件，在全路况下容易造成变形或开裂，Jeep在设计之初便考虑到SUV势必会在连续颠簸路况下行驶，因此采用钢塑混用材质，使其在高温颠簸时的形变开裂风险降到最低。经FCA高温振动耐久测试，Jeep现役的水箱支架即使在-40°C~104°C的环境舱内持续振动20-30天，依旧不会变形，保证安全使用，解决用户驾驶的后顾之忧。

同时，广汽菲克Jeep还采用了国内少数豪牌才设置的车身空腔泡沫填充工艺，在整车ABC柱以及仪表机舱等重要位置填充发泡材料，减少空腔内空气流动，有效阻隔胎噪、风噪和发动机噪音的传递。

值得一提的是，广汽菲克Jeep采用了德国巴斯夫和美国PPG油漆，比普通漆更厚更硬，更抗老化，同时电泳“0”打磨这项高科技专利也被运用到Jeep车型的涂装生产中，电泳“0”打磨技术是广汽菲克的独有专利，利用电泳工艺，Jeep车型的涂装质量更高，车身更不容易被腐蚀，漆面也更平整。

大指挥官获中保研碰撞测试三项优秀评级

80项主被动安全科技加持下，大指挥官获中保研碰撞测试三项优秀评级。作为国内权威的汽车安全评测机构，中国保险汽车安全指数管理中心此前公布了2019年第二批车型的碰撞测试成绩。自上市以来便备受行业瞩目的Jeep大指挥官不负众望，以3项 G（优秀）和1项M（一般）的综合表现在该批次的41款测试车型中表现出色。此外，在C-NCAP测试中，Jeep大指挥官凭借碰撞试验和鞭打试验86.4分的出色成绩，荣获C-NCAP安全五星评级。

2019年3月，C-NCAP官方媒体《世界汽车》杂志正式发布了“2019年度安全车”评选结果，凭借C-NCAP五星评级以及近80项主被动安全科技配置的加持，Jeep大指挥官在45款候选车型中脱颖而出，成为少数获得该殊荣的合资七座SUV车型。

作为WCM银牌认证工厂，广汽菲克长沙工厂和广州工厂以“全面贯彻WCM工作方法，打造世界级标杆工厂”为整体目标，始终将“精益化”生产及品质的持续提升作为重中之重。并通过市场和客户需求为导向，努力发挥出“军工品质”加“欧美科技”加“日系管理”的叠加优势之大成。在专注制造SUV的技术积淀和独创性与全球化高标准的制造工艺加持下，Jeep品牌在J.D. Power评比中逐年进步，2019 年进入J.D. Power主流车市场“中国新车质量报告IQS”榜单前三。

这波真材实料的解剖车实力秀，再次诠释了唯实力出众才能实现对家人与生活全部的爱，也再一次向世人证明了，不是所有SUV都叫Jeep。

小编点评：

广汽菲克在全国范围内举行的“让我把‘芯’掏给你—广汽菲克Jeep解剖车品质探享”活动，让消费者更能以直观的方式深刻了解Jeep领先的制造技术与值得信赖的选材用料和产品质量。Jeep品牌作为越野车鼻祖，是全球公认的专业SUV制造者，也是中国最具情怀的SUV品牌。随着国内经济在全球范围内率先复苏，消费升级势必再次抬头。我们有理由相信， Jeep品牌凭借专业的越野性能和安全品质将会受到更多消费者的关注和青睐。

保姆式教程｜TCGA+GEO单基因生信SCI，手把手带你复现

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从小白的角度，一刻钟复现生信套路。各位小伙伴大家好，这里是美丽专栏。

今天为大家带来一篇2019年1月份发表于Hum Pathol（影响因子：2.735）的单基因生信文章套路复现。文章复现是生信小白成长为大神的最佳路径。在本篇文章中，美丽将会手把手教您3图3表逐个步骤的文章复现。

话不多说，我们开始吧！

题目：MMP14 predicts a poor prognosis in patients with colorectal cancer

材料与方法一：患者数据收集情况

分别从TCGA数据库和GEO数据库中的GSE39582数据集中获取MMP14表达矩阵和相关的临床数据，对应的分别计算总体生存率（OS）和无病生存率（RFS）。

注：不同版本的TCGA数据，有可能获取的患者的样本例数不一致，因为TCGA数据库一直处于更新过程中。所以看到生信文章中TCGA里同一个癌种的患者样本数不一致，大家也不要奇怪，有可能就是版本不同导致的。大家做生信分析的时候，尽量选择TCGA数据库中的最新版本的数据进行下载

材料与方法二：图表结果及复现

01

使用工具

1）仙桃学术工具（
）

2）GEO数据库（
）

3）HPA数据库（
）

02

复现任务

1）Table1 结直肠癌患者的基线资料表(测试集)

2）Table2 结直肠癌患者的单因素/多因素分析(测试集)

3）Table3 单因素和多因素的临床变量与预后（Disease Free Survival）关联的Cox回归分析

4）Figure1 在TCGA数据库中，分析结直肠癌中MMP14的差异表达情况。

5）Figure2 在TCGA数据库和GEO数据集中，分析结直肠癌患者MMP14高表达的生存分析（OS+RFS）。

6）Figure3 免疫组化检测结直肠癌患者，MMP14在癌与癌旁的表达。

7）Figure4 在测试集中，结直肠癌患者MMP14的高表达患者生存分析（OS+DFS）。

03

复现步骤

1）Table1 结直肠癌患者的基线资料表(测试集)

注：本部分由于作者采用的是自己的样本信息，但是我们复现是没有患者信息的，因此，我们选择TCGA的临床患者信息进行代替。

? 跟大家说一个好消息，心心念念的GEO数据，在3月份会上线哦~大家再期待一下下。

复现步骤

进入仙桃学术工具（）；选择高级版，点击“立即使用”（注：免费版和基础版都可以进行统计和可视化，由于高级版功能最全，这里选择高级版作为范例）

选择临床意义（靠）- 基线资料表，点击进入

选择疾病—结直肠癌

选择表达矩阵的数据格式为FPKM。一共有521例样本。由于版本的不同导致的，仙桃学术是调用的最新版的TCGA表达和临床信息。优先选择最新版本的数据库更新数据。

在分子框内点击一下，输入基因名MMP14。

⑥选择第一个基因。

温馨提示:在疾病下拉框中，收录了结肠癌，直肠腺癌，以及结直肠癌三类信息，可供大家根据不同的目的进行选择。

⑦ 点击确认。

⑧ 点击基本参数，在表格格式中有“纯基线资料表”“列联表”“列联表-简洁版”可供选择。根据本文，选择列联表-简洁版。

温馨提示:由于TCGA数据库的临床资料获取容易，所以如果按照整体数据集进行基线资料表分析，非常容易与其他文献“撞车”，所以，现在为了避免与他人结果重复，我们会选择以基因表达差异进行分组，观察基因的表达变化对临床不同变量的作用。

分类变量这里把所有的变量都选上。

其他结果按默认选项保持不变（当然也可以根据实际需要选择，当你拿不准是否需要调整时，一个是可以根据已经发表的文献进行参数调整；一个可以选择默认参数也是没问题的）。点击确认。

结果保存。这里有“保存结果“”Excel表格下载“”CSV表格下载““Word表格下载”等多种结果保存形式。雪球推荐先点击保存结果，输入分析名称，比如“基线资料表”，然后点击确定。这样在历史记录中就会保存有这个结果，留待以后的调整修改。

在历史记录中的第一条“基线资料表”中就有我们刚才保存到 云端的数据啦。后续需要调整分析可以在历史记录这一栏里追溯回来。

同时，也推荐点击Word表格下载。下载后会出现这样的word文档展示页面。一键式发表级的三线表就完成了。该表可以直接应用于文章发表。

2）Table2 结直肠癌患者的单因素/多因素分析(测试集)

复现步骤

①选择临床意义（靠）-预后分析-单因素|多因素COX回归分析

②选择结直肠癌-FPKM数据集

③根据作者表格中罗列的信息，按顺序逐一进行添加

④由于作者选择OS进行分析，因此我们在参数中，也选择OS（默认即可）

⑤点击确认，并保存结果

这里有“保存结果“”Excel表格下载“”CSV表格下载““Word表格下载”等多种结果保存形式。雪球推荐先点击保存结果，输入分析名称，比如“多因素分析”，然后点击确定。这样在历史记录中就会保存有这个结果，留待以后的调整修改。

在历史记录中的第一条“多因素分析”中就有我们刚才保存到 云端的数据啦。后续需要调整分析可以在历史记录这一栏里追溯回来。

同时，也推荐点击Word表格下载。下载后会出现这样的word文档展示页面。一键式发表级的三线表就完成了。该表可以直接应用于文章发表。

3）Table3 单因素和多因素的临床变量与预后（Disease Free Survival）关联的Cox回归分析

复现步骤

前面步骤同表2，区别是在参数中，将OS调整为其他生存结果。

（小贴士：工具中虽然没有提供DFS的结果，但是可以选择DSS进行代替。虽然预后指标包含很多，如OS，DFS,DSS,PFI等，但是我们自己在进行分析的时候，选择其中的1-2个指标即可，不需要全部预后结果都进行分析的。）

点击确认，并保存结果

在历史记录中的第一条“多因素分析2”中就有我们刚才保存到云端的数据啦。后续需要调整分析可以在历史记录这一栏里追溯回来。

同时，也推荐点击Word表格下载。下载后会出现这样的word文档展示页面。一键式发表级的三线表就完成了。该表可以直接应用于文章发表。

4）Figure1 在结直肠癌中MMP14的差异表达情况。A：正常组和肿瘤组对比；B：TCGA数据库的I、II和III期比较。C：GSE数据集中分析I、II和III期的差异表达。

复现步骤

图A

复现步骤

①进入仙桃学术工具（）；选择高级版，点击“立即使用”（注：免费版和基础版都可以进行统计和可视化，由于高级版功能最全，这里选择高级版作为范例）

②选择表达差异（挑）中的非配对样本，点击进入。

③选择结肠癌，FPKM数据格式。

温馨提示：仙桃工具除了原文中的TCGA数据集单独分析，还提供了联合GTEx数据库。既Genotype-Tissue Expression，收集正常人因为意外去世的尸体解剖的样本，比如大家很熟悉的GEPIA数据库，也是应用GTEx进行联合分析哦。在TCGA收集的某些癌种癌症组织数据中正常数据不足的时候，把GTEx纳入进来，分析的结果更为准确）

④在类型中选择“点图”，点击输入分子“MMP14”。

⑤点击确认。

⑥进一步设置散点大小

⑦再次点击确认出图

⑧得出分析的图之后，还有对统计结果的统计分析结果和分析方法的描述。可以直接应用于生信文章中材料与方法与结果部分的写作。

⑨点击保存。可以选择“保存结果“把图片保存到历史记录中（建议后续需要拼图的图片选择这一步，可以后续直接拼图工具那里进行拼图）；同时可以选择pdff图片下载，TIFF300下载，TIFF600下载；PPT图片下载任意一种。

图B

复现步骤

①选择临床意义-临床相关性，点击进入。

②选择结直肠癌，FPKM数据格式。

③选择临床T stage分期

④在类型中选择“点图”，点击输入分子“MMP14”。

⑤点击确认。

⑥进一步设置散点大小，去掉图中无统计意义的分组

⑦再次点击确认出图

⑧得出分析的图之后，还有对统计结果的统计分析结果和分析方法的描述。可以直接应用于生信文章中材料与方法与结果部分的写作。

⑨点击保存。可以选择“保存结果“把图片保存到历史记录中（建议后续需要拼图的图片选择这一步，可以后续直接拼图工具那里进行拼图）；同时可以选择pdff图片下载，TIFF300下载，TIFF600下载；PPT图片下载任意一种。

图C

复现步骤

百度检索GEO数据库，选择Datasets

或者直接进入GEO数据库（），在GEO DataSets的检索框中输入GSE39582

点击第一个，在新页面中下载表达矩阵文件。

用EXCEL文件打开矩阵

第一列为探针名，我们需要根据探针编号，找到MMP14基因。

本套数据使用GPL570芯片，因此，下载GPL570芯片信息。

点击Download即可进行下载。

依然是使用EXCEL打开文件

使用查找功能，找到MMP14对应的探针名：160020_at

打开GSE39582矩阵，找到160020_at对应的表达值

找到不同组别的信息

整理矩阵信息

在表格中新建一列，根据设计描述内容，将598例样本，分成I-443例，II-123例，III-19例放入其中

选择仙桃工具-基础绘图-散点图，点击上传

点击确认出图

进一步设置散点大小，去掉图中无统计意义的分组

再次点击确认出图

得出分析的图之后，还有对统计结果的统计分析结果和分析方法的描述。可以直接应用于生信文章中材料与方法与结果部分的写作。

温馨提示：虽然我们可以使用Prism工具进行作图，并计算统计分析，但是新手拿到这类软件，需要至少三天的时间摸索，才能学会如何选择模块，以及统计分析。但是，使用仙桃工具，我们只需要将数据按照示例格式准备好，就可以一键出图，连统计结果都给你算得妥妥的~

点击保存。可以选择“保存结果“把图片保存到历史记录中（建议后续需要拼图的图片选择这一步，可以后续直接拼图工具那里进行拼图）；同时可以选择pdff图片下载，TIFF300下载，TIFF600下载；PPT图片下载任意一种。

接下来，我们将利用拼图工具，将图A，图B，图C进行拼接。

选择拼图工具

将左侧保存的图，根据需要，拖拽到右侧的全版图页面

随后调整图片位置

温馨提示：拼图工具，默认打开吸附对齐辅助线，所以当两张图片距离较近时，会自动添加吸附线，以及进行对齐。比某拼图软件，先设置辅助线，再手动对齐的操作更加方便快捷。

整理完成，点击保存为PDF，即可进行预览及图片的保存。当然，也有TIFF格式可供选择。

PDF预览图

Figure2 在TCGA数据库和GEO数据集中，分析结直肠癌患者MMP14高表达的生存分析（OS）。

复现步骤

①临床意义-预后分析-KM曲线，点击进入。

②选择结直肠癌，FPKM数据格式。

③点击输入分子“MMP14”。预后参数为OS。

温馨提示：除了OS外，工具中还提供了DSS、PFI的结局变量。

④点击确认。

⑤得出分析的图之后，还有对统计结果的统计分析结果和分析方法的描述。可以直接应用于生信文章中材料与方法与结果部分的写作。

⑥点击保存。可以选择“保存结果“把图片保存到历史记录中（建议后续需要拼图的图片选择这一步，可以后续直接拼图工具那里进行拼图）；同时可以选择pdff图片下载，TIFF300下载，TIFF600下载；PPT图片下载任意一种。

其余步骤同上，将预后参数设置为DSS。

点击确定，出图

保存结果，并利用仙桃工具中绘制图2。

Figure3 免疫组化检测结直肠癌患者，MMP14在癌与癌旁的表达。

复现步骤

打开HPA网站（ ），在检索框中输入MMP14分子

出现的六个模块，分别是组织样本，单细胞分析，病理图谱，脑图谱，血液图谱，以及细胞图谱。我们首先分析肿瘤组织，所以选择病理图谱。

点击Pathology

在疾病中选择COLORECTAL CANCER

选择高表达组织（右侧图）

右键点击另存为肿瘤高表达图1.

在图片左上角，有一个“+”，点击即可放大页面

随后再点击保存，命名为肿瘤高表达图2

同样的操作，选择肿瘤低表达图片并进行保存。

在AI中制作拼图

接下来，选择TISSUE（正常组织），寻找正常组织的MMP14表达情况

选择RECTUM直肠组织。

两个抗体对应两种表达情况，所以我们分别选择一个，随后按照前面的演示，进行图片的保存。并上传至仙桃工具中，进行后续的图片拼接。

最终在AI中获取拼图结果

Figure4 在测试集中，结直肠癌患者MMP14的高表达患者生存分析（OS+DFS）。

由于本部分为作者自己的数据，尚不能在数据库中检索到，如果想复现，需要跟作者联系，获取资料。

当然，如果我们自己有数据的话，也可以使用仙桃工具的免费版，直接按照示例数据进行整理，就可以一键出图啦~

回顾一下，本文利用TCGA、GEO以及作者自己的病人样本，三部分数据进行生物信息学分析，包括使用TCGA数据库进行单因素/多因素

我们再来根据本文的图表进行逻辑梳理：

靠1）Table1 结直肠癌患者的基线资料表(测试集)

靠2）Table2 结直肠癌患者的单因素/多因素分析(测试集)

靠3）Table3 单因素和多因素的临床变量与预后（Disease Free Survival）关联的Cox回归分析

挑4）Figure1 在TCGA数据库中，分析结直肠癌中MMP14的差异表达情况。

靠5）Figure2 在TCGA数据库和GEO数据集中，分析结直肠癌患者MMP14高表达的生存分

析（OS+RFS）。

挑&靠6）Figure3 免疫组化检测结直肠癌患者，MMP14在癌与癌旁的表达。

靠7）Figure4 在测试集中，结直肠癌患者MMP14的高表达患者生存分析（OS+DFS）。

作者首先利用自己的数据样本，制作结直肠癌患者的基线资料表，随后进行单因素/多因素分析，并分期单因素和多因素的临床变量与预后（Disease Free Survival）关联的Cox回归分析。进一步，作者在TCGA数据库中，分析结直肠癌中MMP14的差异表达情况，并且利用TCGA数据库和GEO数据集中，分析结直肠癌患者MMP14高表达的生存分析（OS+RFS）；接下来利用HPA数据库，分析结直肠癌患者，MMP14在癌与癌旁的蛋白表达。最终，在作者的样本中，分析结直肠癌患者MMP14的高表达患者生存分析（OS+DFS）。

温馨提示：临床资料常见研究套路，三表一图，即基线资料表，单因素分析表，多因素分析表，及生存曲线图。

本文将临床资料用到极致，可以说，是一个“靠”字闯天涯。

生信文章发表，高分可能需要技巧，但是3分的文章，还是套路感满满的，希望在美丽的指导下，能够带领大家轻松发表生信文章。

上面一套步骤走下来，刚沏的茶都没凉，大家赶紧操练起来吧，我喝茶去了，我们下期再见~

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